Zur Story: An seinem Geburtstag wird die kleine Schwester unseres Helden Link entführt -- Ehrensache, dass sich dieser sofort auf den Weg machen möchte, sein Schwesterchen zu retten. Doch zunächst fehlt im die nötige Ausrüstung; zum Glück sind Schwert und Schild (sowie die obligatorische grüne Heldenkluft) schnell gefunden und das Abenteuer kann losgehen! Was nun folgt ist eines der perfektesten Adventures aller Zeiten: Ein riesiges Meer mit vielen Inseln bildet die Spielwelt, die Link per Boot und zu Fuß erkunden kann. Hierzu unerlässlich ist außerdem ein Taktstock, mit dem Link unter anderem die Windrichtung ändern kann, um in die diversen Gebiete segeln zu können.

Neben der Hauptquest gibt es natürlich unzählige Nebenquests und tonnenweise Items zu entdecken. Im Verlauf des Spiels erhält Link weitere Waffen wie den Bumerang, Bomben oder Pfeil und Bogen sowie nützliche Items wie ein Deku-Blatt zum Fliegen oder Flaschen zur Aufbewahrung von Heiltränken, Feen etc. Die vielen Nebenquests sorgen für unglaubliche Spieltiefe und lassen das Spielzeitkonto ins schier Unendliche steigen: So kann Link der Assistent eines Fotografen werden, an Auktionen teilnehmen, einem glücklosen Händler bei der Warenbeschaffung helfen, versunkene Schätze im Meer heben und vieles mehr.